经学
自西汉以来就开始了的经今古文学派的论争，在整个东汉时期始终没有停止过。它们之间的斗争，主要是围绕着是否设立古文经博士展开的。
东汉初，刘秀为了拉拢古文经学派，曾决定立《左氏春秋》博士，结果遭到今文博士们的激烈攻击，公卿大臣们也群起反对，《左氏春秋》博士不久就被废除。汉明帝时，允许《左传》、《谷梁》、《古文尚书》、《毛诗》等四经可以公开传授，但不立博士。这就是说，东汉政府虽然作了一些让步，但还不承认古文经学是地主阶级知识分子进入政治舞台的正路。在整个东汉时期，古文经学一直未立博士。
东汉时期，今文经学还是官方学术的主体，从洛阳的太学到州郡县所设立的官学，传授者都是今文经一些著名的经师，他们所著录的弟子，往往成千上万。但从发展趋势看，今文经由于其本身的弱点而日趋衰落。今文经学最大的弱点，一个是妖妄，一个是繁琐。今文经用谶纬说经，充斥着荒诞不经的迷信邪说，这些邪说曾经获宠于一时，但它的欺骗性逐渐被戳穿，也就逐渐被蔑视。
古文经学的一个特点是“通训诂”，“举大义”，“不为章句”。与今文经学比较，古文经学是一种简单明了、思想犀利的学术。由于这种特点，东汉时期古文经学发展很快，它虽然未立学官，却逐渐成了私学的主流。在学术方面，古文经学取得了很大成就。东汉一代，古文经学的大师辈出，如桓谭、班固、王充、贾逵、张衡、许慎、马融、郑玄等人。在古文经学的训诂和注释方面，成就最大者是许慎、马融、郑玄三人。
许慎的代表作是《说文》。这部著作集西周以来文字学之大成，直到今天，仍然有很高的价值。
马融曾从班固受学。他遍注《孝经》、《论语》、《毛诗》、《周易》、《三礼》、《尚书》等书。《左传》因已有贾逵注，所以他只作《三传异同》。可以说，古文经学派到了马融的时候，才有了自己统一的经义，达到完全成熟阶段。
郑玄是古文经学集大成者。郑玄遍注古文经，但他并不墨守成规，能够择善而从，兼采今文经学的某些说法，形成了自己的学派，号为“郑学”，成为魏晋以后经学的主流。郑学兴起以后，今文经学已退居次要地位，古文经占了上风。
